MikroRNA w ostrej białaczce szpikowej

Marcucci i in. (1 maja) podkreślenie możliwego związku pomiędzy genami mikroRNA-181 i genami wrodzonej odporności. Spośród 452 genów, które silnie korelują z ich wartością sumaryczną mikroRNA, 32 zostały przewidziane jako cele rodziny microRNA-181, zgodnie z bazą danych TargetScan.2 Chociaż niektóre z tych 32 genów rzeczywiście przyczyniają się do odporności wrodzonej, piszemy, aby podkreślić ryzyko użycia tylko jednego algorytmu do przewidywania celów mikroRNA i zalecania użycia wielu algorytmów do konsolidacji prognoz. W związku z tym ponowna analiza opublikowanych danych za pomocą alternatywnego algorytmu, miRanda, 3 przewidywała 50 genów docelowych dla rodziny microRNA-181, z których tylko 10 pokryło się z przewidywaniami TargetScan. Korzystając z DAVID, 4 odkryliśmy, że te 50 genów nie zostało statystycznie wzbogaconych w kategorię ontologii odporności , ale raczej wiązania białek i regulacji apoptozy . Gdyby autorzy użyli miRanda zamiast TargetScan, ich wnioski dotyczące Geny docelowe microRNA-181 byłyby inne. Podkreślając tę rozbieżność między algorytmami, chcemy podkreślić potrzebę większej ostrożności w ich stosowaniu.
William J. Ritchie, Ph.D.
Stephane Flamant, Ph.D.
Centenary Institute, Sydney, NSW 2050, Australia
John EJ Rasko, MB, BS, Ph.D.
Royal Prince Alfred Hospital, Camperdown, VIC 2050, Australia
jot. usyd.edu.au
4 Referencje1. Marcucci G, MD Radmacher, Maharry K i in. Ekspresja mikroRNA w cytogenetycznie prawidłowej ostrej białaczce szpikowej. N Engl J Med 2008; 358: 1919-1928
Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline
2. Grimson A, Farh KK, Johnston WK, Garrett-Engele P, Lim LP, Bartel DP. Specyfika targetowania mikroRNA u ssaków: determinanty poza parowaniem nasion. Mol Celi 2007, 27: 91-105
Crossref Web of Science Medline
3. John B, Enright AJ, Aravin A, Tuschl T, Sander C, Marks DS. Ludzkie cele MicroRNA. PLoS Biol 2004; 2: e363-e363 [Erratum, PloS Biol 2005; 3 (7): e264.]
Crossref Web of Science Medline
4. Dennis G Jr, Sherman BT, Hosack DA, i in. DAVID: baza danych dla adnotacji, wizualizacji i zintegrowanego wykrywania. Genome Biol 2003; 4: P3-P3
Crossref Web of Science Medline
Odpowiedź
Autorzy odpowiadają: W naszym artykule wykazaliśmy, że sumaryczna wartość sygnatury ekspresji mikroRNA była skorelowana z ekspresją 452 genów. Szesnaście terminów ontologii genowej dla procesów biologicznych zawierało co najmniej połowę ich członków wśród 452 genów. Spośród 16 terminów 15 obejmowało członków uczestniczących w odporności wrodzonej. To odkrycie nie zależało od przewidywanych celów mikroRNA.
Użyliśmy TargetScan do przewidywania, który z 452 genów był domniemanym celem mikroRNA-181, najbardziej reprezentowanej rodziny mikroRNA w sygnaturze. Zauważyliśmy, że siedem docelowych genów (wszystkie ujemnie skorelowane z ekspresją mikroRNA-181) było powiązanych z odpornością wrodzoną. Algorytm miRanda przewiduje również, że cztery z tych genów będą docelowymi mikroRNA-181, co sugeruje pewne podobieństwo w wynikach uzyskanych z TargetScan i miRanda. Chociaż zgadzamy się, że algorytmy przewidywania celów mikroRNA powinny być stosowane ostrożnie, uważamy, że optymalnym podejściem do ostatecznego powiązania mikroRNA z regulacją określonych genów jest eksperymentalna walidacja na stanowisku.
Guido Marcucci, MD
Michael D Radmacher, Ph.D.
Clara D. Bloomfield, MD
Ohio State University, Columbus, OH 43210
guido. edu
(2)
[podobne: planowanie kariery, chirurgia estetyczna wrocław, nfz kolejki oczekujących do sanatorium ]