Znaczenie prognostyczne zintegrowanego profilowania genetycznego w ostrej białaczce szpikowej AD 3

Sekwencjonowaliśmy całe regiony kodujące TET2, ASXL1, DNMT3A, CEBPA, PHF6, WT1, TP53, EZH2, RUNX1 i PTEN oraz regiony wcześniej opisanych mutacji dla FLT3, NPM1, HRAS, KRAS, NRAS, KIT, IDH1, i IDH2. Współrzędne genomowe i sekwencje wszystkich starterów użytych w tym badaniu podano w tabeli S2 w dodatkowym dodatku. DNA parzystej remisji (tj. DNA od pacjentów, którzy mieli całkowitą remisję po indukcyjnej chemioterapii) było dostępne od 241 z 398 uczestników kohorty testowej i od 65 ze 104 w kohorcie walidacyjnej. Dane o wariantach, które nie mogły zostać zweryfikowane jako bona fide mutacje somatyczne z powodu niedostępnego DNA remisji i braku doniesień o mutacjach w opublikowanej literaturze mutacji somatycznych były cenzurowane pod względem statusu mutacyjnego dla tego specyficznego genu. Dalsze szczegóły metod sekwencjonowania są dostępne w dodatkowym dodatku. Analiza statystyczna
Wzajemną wyłączność par mutacji oceniano za pomocą tablic kontyngencji dwa na dwa i dokładnego testu Fishera. Związek między mutacjami a klasyfikacją ryzyka cytogenetycznego zbadano za pomocą testu chi-kwadrat. Hierarchiczne grupowanie przeprowadzono przy użyciu formuły odmienności Lance a-Williamsa i algorytmu pełnego połączenia. Czas przeżycia mierzono od daty randomizacji do daty zgonu dla pacjentów, którzy zmarli i do daty ostatniej obserwacji dla tych, którzy żyli w czasie analizy. Prawdopodobieństwa przeżycia oszacowano za pomocą metody Kaplana-Meiera i porównano między pacjentami z mutacją i bez zmutowanych alleli za pomocą testu log-rank. Analizy wielowymiarowe przeprowadzono za pomocą modelu Coxa z wybieraniem do przodu. Sprawdziliśmy założenie dotyczące proporcjonalnych zagrożeń, testując niezerowe nachylenie w regresji przeskalowanych reszt Schoenfelda na funkcjach czasu (tabela S3 w dodatkowym dodatku). W razie potrzeby, na przykład w analizach przeprowadzonych w różnych podzbiorach, zastosowano wyniki analiz jednoczynnikowych w celu wybrania zmiennych, które mają być uwzględnione w przeszukiwaniu zmiennych w przód. Ostateczne modele wielowymiarowe informowały o opracowaniu nowych zasad klasyfikacji ryzyka. Gdy tak było wskazane, wartości P zostały skorygowane w celu kontrolowania rodzinnego poziomu błędu przy użyciu pełnego rozkładu zerowego w przybliżeniu poprzez resampling otrzymany przez program MULTTEST PROC w SAS lub w bibliotece multitest w R.19 Jedynym wyjątkiem było dostosowanie w testy wpływu mutacji na odpowiedź na dawkę indukcyjną, dla której zastosowano procedurę Step-down Holm w celu skorygowania wielu testów
[hasła pokrewne: dobry rumień naczyniowy warszawa, rumień naczyniowy, bostonka jak długo zaraża ]